Regio Nusa Tenggara terbagi atas dua Provinsi Gerejawi, yaitu :
1. Provinsi Gerejawi Ende yang melingkupi Keuskupan Agung Ende, Keuskupan Denpasar, Keuskupan Ruteng, Keuskupan Larantuka dan Keuskupan Maumere.
2. Provinsi Gerejawi Kupang yang melingkupi Keuskupan Agung Kupang, Keuskupan Weetebula dan Keuskupan Atambua.